Večina očitnih anatomskih homologij je med anatomskimi strukturami, ki jih zadevna vrsta aktivno uporablja, vendar nekatere anatomske homologije vključujejo strukture, ki niso več potrebne, vendar tudi niso popolnoma izginile. Prehodni organ ali zgradba je organ ali zgradba, ki jo najdemo v vrsti, ki se ne uporablja tako kot pri drugih vrstah. V nasprotju s splošnim prepričanjem vestigijski organi in vestigijske strukture niso nujno neuporabni ali brezhibni.
Vestigial ne pomeni neuporabnega ali nefunkcionalnega, saj je težko, če ne nemogoče dokazati, da katera od določenih struktur deluje brez funkcije. Mogoče je, da so nekateri vestigijski organi brez funkcije, vendar znanstveniki in biologi ne domnevajo tako dogmatično. Vse, kar je potrebno, da se organ ali zgradba označi kot "prosti", je, da obstajajo homologije v drugih vrstah, kjer je uporaba ali funkcija jasna, vendar ista uporaba ali funkcija ne velja za zadevne vrste. Uporaba je lahko nenavadna ali pa preprosto še ni prepoznana.
Kita medenične kosti
Primer takšne strukture je medenica kitov. Vsi tetrapodi (vključno s kiti) imajo medenične kosti. Pri večini živali so medenične kosti potrebne, da lahko premikajo spodnji ali zadnji sklop okončin za premikanje. Pri nekaterih vrstah, na primer kiti, te okončine večinoma ne obstajajo, čeprav lahko ostanejo ostanki le-teh.
Kljub temu, da kiti nimajo nobene potrebe po njih, imajo še vedno medenične kosti. V primerjavi z drugimi kolegi pri drugih živalih so precej majhne, vendar obstajajo. Mogoče služijo neki funkciji, kot je pomoč pri podpori reproduktivni anatomiji kita, vendar obstaja veliko različnih vrst struktur, ki bi bile za takšno nalogo bolj primerne.
Vprašanje je, zakaj bi imel kita, ki nima spodnjih okončin in ne potrebuje medeničnih kosti, medenične kosti, ki so homologne bitjem, ki potrebujejo premikanje medeničnih kosti? Podobne homologije obstajajo tudi za kače in brez kuščarje. Še enkrat, edina razlaga, ki je smiselna, je, če so se ta bitja razvila iz skupnega prednika skupaj z vsemi drugimi tetrapodami.
Dodatek o človeku
Drug pogost (in pogosto napačno razumljen) primer je priloga. Pri človeku ima priloga malo navidezne funkcije, čeprav se zdi, da lahko shrani nekatere imunske celice. Vendar ima analogni organ pri mnogih drugih vrstah očitno funkcijo. Poleg tega je človeški dodatek lahko pozitivno neugoden v smislu, da je podvržen grdim okužbam, ki so lahko usodne.
Dodatek je vestigični organ, saj ne deluje tako kot homologni organi pri drugih živalih, čeprav bi lahko deloval pri ljudeh. Torej, postavlja se vprašanje, zakaj imajo ljudje prilogo? (Ali zakaj človeški dodatek ne deluje kot homologni organ pri drugih živalih?) Evolucija, ideja, da imamo vsi skupne prednike, daje smiseln odgovor. Kreacionizem ne.
